BioLOG

( Daily life of a biologist. )

逆転写酵素、くらべてみました

少数細胞をスタートサンプルに用いることが多いため、

これまでずっとThermoVILO SuperScript IVを逆転写に使用していました。

 

しかし、いかんせん高い!

定価ベースで774.8円/sampleもします。

 

そこで、業者さんからサンプル品をもらって以下の2商品との比較をしたので、結果をシェアします。

タカラ PrimeScript II Reverse Transcriptase

卓越したプライマー利用効率と合成スピードを有するPrimeScript RTaseと、cDNA合成の妨げとなるRNAの高次構造を解消し、逆転写プライマーのミスプライミングを抑制するアクセサリータンパク質により、RNA分解の恐れの小さい標準的な反応温度(42℃)で、バックグラウンドの少ない高品質なcDNA合成を達成する最上級の逆転写酵素 ( Takara HPより )

プロメガ GoScript Reverse Transcriptase

  • 逆転写酵素単体、逆転写キット、オリゴ(dT)あるいはランダムプレイマーを含むマスターミックスの4種類
  • ハイコピーおよびローコピーの mRNA を逆転写可能
  • 二次構造を含む短鎖および長鎖転写物からでも合成 ( Promega HPより )

 

価格

VILO SS4は774.8円でしたが、

PrimeScript (1st strand synthesis kit); \108000/200rxn → 540円/sample

GoScript (Mix+Oligo dT); \50000/100rxn → 500円/sample

 

この価格から、タカラは期間限定のキャンペーン、

Promegaはプロメガクラブを使用するとさらに安くなります。

(PrimeScript; 405円/sample, GoScript; 250円/sample)

 

価格面ではややプロメガ有利。

 

性能

価格が安くても、まともなデータがとれないと意味がない。

そこで、同一同量のRNAサンプルをスタートとして、比較検討を行いました。

 

ー条件ー

RNA: マウス肝臓および腎臓由来RNA 1 µg

逆転写条件は各商品のプロトコルに準じて行った

評価: Gapdhを含む4遺伝子のqPCR

 

増幅曲線

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PrimeScriptはVILOよりも若干立ち上がりが遅いものの、

全ての遺伝子できちんと増幅している。

GoScriptはGapdhやGene Aのように高発現遺伝子では増幅している一方、

Gene BやGene Cではかなり立ち上がりが遅いor増幅しない。

 

発現量解析

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PrimeScriptはおおよそVILOと同じ結果。

GoScriptはかなり定量性が低く、使えなさそう。

 

ということで、PrimeScript IIは安価で信頼性が高く、いい感じということがわかりました。

 

しかしながら、これほど差があるとは、検討実験は大事だなーとひしひし実感しました。

安物買いの銭失いにならないように、みなさんもお気をつけくださいー。

 

(著者は各メーカーとの利害関係は全くありません。)

今年のインパクトファクターまとめ

Journal Citation Reportsの最新版が発表されました。

jcr.incites.thomsonreuters.com

 

生物系のまとめとコメント。

***************NEJM --- 79.258

**********Lancet --- 53.254

*********JAMA --- 47.661

********Nature --- 41.577

********Science --- 41.058

******Nature Medicine --- 32.621

******Cell --- 31.398

*****Nature Genetics --- 27.125

****Cell Stem Cell --- 23.290

****Nature Immunology --- 21.809

****Cell Metabolism --- 20.565 <-代謝全体的に上がってきてる

***Nature Neuroscience --- 19.912

***Immunity ---19.734

***Nature Cell Biology ---19.064

***Cell Host & Microbe --- 17.872

***Science Translational Medicine --- 16.710

***Blood --- 15.130 <-かなり上がってきてる

**Neuron --- 14.318

**Molecular Cell --- 14.248

**Journal of Allegy and Clinical Immunology --- 13.258 <-姉妹紙以外の免疫系でトップ

**Journal of Clinical Investigations --- 13.251

**Nature Communications --- 12.353

**PLoS Medicine --- 11.675

**Nucleic Acid Research --- 11.561

**Science Advances --- 11.511 <-初めてIFついた

**Journal of Experimental Medicine --- 10.790 <-めっちゃ下がってきてる

**EMBO Journal --- 10.557

**EMBO Molecular Medicine --- 10.293

*Developmental Cell --- 9.616 <-発生系落ち目

*PNAS --- 9.504

*Genes & Development --- 9.462

*PLoS Biology --- 9.163

*Journal of Cell Biology --- 8.784

*EMBO Reports --- 9.749

*Stem Cell Reports --- 6.537

*Science Signaling --- 6.378

*Allergy --- 6.048

*PLoS Genetics --- 5.540

*Development --- 5.413 <-落ち方やばい

*International Immunology 5.189 <- IIがJIを抜いた

Journal of Immunology 4.539

Journal of Biological Chemistry 4.010

Developmetanl and Comparative Immunology 2.913

 

空を見上げる

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最近めっきり空を見上げる機会が減った。

それは忙しいということでもあり、ありがたいことなのだけれど、"あ、面白い雲!"と、空をぼんやり見上げていた、あの時の心に戻りたいなという気持ちもある。

 

Esch-sur-alzette, Luxembourg | 2017年10月3日

 

トリエンナーレでルクセンブルク

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昨夜、ヨコハマトリエンナーレのナイトミュージアムに参加しました。

 

島と星座とガラパゴスというタイトル。

孤立と接続、難民問題、アメリカを筆頭とするポピュリズムの台頭、社会の複雑化、、

現代人類が直面する問題に対して、さまざまなアーティストがさまざまな形で表現していて、自分自身も非常に刺激を受けたし、2時間という鑑賞時間ではとても足りないほどボリュームのある展示だった。

 

スプツニ子!氏Sputniko! Official Websiteによる展示

GoogleでWhy is **(国名)で調べると、自動で検索候補が出てきて、その国のパブリックイメージを知ることができるというもの。

例えば日本は、「なぜそんなに安全なのか」

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ではルクセンブルクはというと、「なぜルクセンブルクは国なのか」というのには笑ってしまった。

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2017年9月9日 神奈川県横浜市