BioLOG

( Daily life of a biologist. )

中島館(横浜市南区)

nakajimakan.sakura.ne.jp

 

横浜に引っ越してきて、九州に住んでいた時のような良泉はしばらく我慢かと落胆しておりました。

が!

ありましたよ。いいおふろ。

 

京急・地下鉄ブルーライン弘明寺駅から徒歩圏内の「中島館」さん。

ここが個人的にはベスト・オブ・銭湯でした。

 

お気に入りポイントとしては

・なんといっても黒湯の水風呂が最高に気持ちいい。

・サウナも新しく、檜?の香りが良い。

・露天の黒湯も良い。特に1階。

・お風呂の塩素臭が気にならない。

・駐車場2時間まで無料。

・銭湯料金470円。サウナ料金100円でバスタオルも付く。

・フロントには気立ての良いおばあちゃん。

 

お近くの方は、是非。

(1月は設備工事のため25日までお休みです。)

欲求2019

個人的に気になっているもの、やりたいことetcの備忘録。

随時更新。

 

食べたい

 

欲しい

 

やりたい/参加したい

登山を始めたい

小笠原諸島に行きたい

 

1月

 

2月

 

3月

3/23-24 鹿島酒蔵ツーリズム2019

sakagura-tourism.com

 

4月

 

5月

 

6月

 

7月

Camp & MARUMORI-SAUNA

www.marumori-sauna.jp

 

8月

サウナフェス予約

 

9月

(日程未定) 第4回日本サウナフェス@フィンランドヴィレッジ(小海町、長野県)

 

www.fsc37.com

 

10月

 

11月

 

12月

 

逆転写酵素、くらべてみました

少数細胞をスタートサンプルに用いることが多いため、

これまでずっとThermoVILO SuperScript IVを逆転写に使用していました。

 

しかし、いかんせん高い!

定価ベースで774.8円/sampleもします。

 

そこで、業者さんからサンプル品をもらって以下の2商品との比較をしたので、結果をシェアします。

タカラ PrimeScript II Reverse Transcriptase

卓越したプライマー利用効率と合成スピードを有するPrimeScript RTaseと、cDNA合成の妨げとなるRNAの高次構造を解消し、逆転写プライマーのミスプライミングを抑制するアクセサリータンパク質により、RNA分解の恐れの小さい標準的な反応温度(42℃)で、バックグラウンドの少ない高品質なcDNA合成を達成する最上級の逆転写酵素 ( Takara HPより )

プロメガ GoScript Reverse Transcriptase

  • 逆転写酵素単体、逆転写キット、オリゴ(dT)あるいはランダムプレイマーを含むマスターミックスの4種類
  • ハイコピーおよびローコピーの mRNA を逆転写可能
  • 二次構造を含む短鎖および長鎖転写物からでも合成 ( Promega HPより )

 

価格

VILO SS4は774.8円でしたが、

PrimeScript (1st strand synthesis kit); \108000/200rxn → 540円/sample

GoScript (Mix+Oligo dT); \50000/100rxn → 500円/sample

 

この価格から、タカラは期間限定のキャンペーン、

Promegaはプロメガクラブを使用するとさらに安くなります。

(PrimeScript; 405円/sample, GoScript; 250円/sample)

 

価格面ではややプロメガ有利。

 

性能

価格が安くても、まともなデータがとれないと意味がない。

そこで、同一同量のRNAサンプルをスタートとして、比較検討を行いました。

 

ー条件ー

RNA: マウス肝臓および腎臓由来RNA 1 µg

逆転写条件は各商品のプロトコルに準じて行った

評価: Gapdhを含む4遺伝子のqPCR

 

増幅曲線

f:id:bio-log:20180831115152p:plain

PrimeScriptはVILOよりも若干立ち上がりが遅いものの、

全ての遺伝子できちんと増幅している。

GoScriptはGapdhやGene Aのように高発現遺伝子では増幅している一方、

Gene BやGene Cではかなり立ち上がりが遅いor増幅しない。

 

発現量解析

f:id:bio-log:20180831115403p:plain

PrimeScriptはおおよそVILOと同じ結果。

GoScriptはかなり定量性が低く、使えなさそう。

 

ということで、PrimeScript IIは安価で信頼性が高く、いい感じということがわかりました。

 

しかしながら、これほど差があるとは、検討実験は大事だなーとひしひし実感しました。

安物買いの銭失いにならないように、みなさんもお気をつけくださいー。

 

(著者は各メーカーとの利害関係は全くありません。)

今年のインパクトファクターまとめ

Journal Citation Reportsの最新版が発表されました。

jcr.incites.thomsonreuters.com

 

生物系のまとめとコメント。

***************NEJM --- 79.258

**********Lancet --- 53.254

*********JAMA --- 47.661

********Nature --- 41.577

********Science --- 41.058

******Nature Medicine --- 32.621

******Cell --- 31.398

*****Nature Genetics --- 27.125

****Cell Stem Cell --- 23.290

****Nature Immunology --- 21.809

****Cell Metabolism --- 20.565 <-代謝全体的に上がってきてる

***Nature Neuroscience --- 19.912

***Immunity ---19.734

***Nature Cell Biology ---19.064

***Cell Host & Microbe --- 17.872

***Science Translational Medicine --- 16.710

***Blood --- 15.130 <-かなり上がってきてる

**Neuron --- 14.318

**Molecular Cell --- 14.248

**Journal of Allegy and Clinical Immunology --- 13.258 <-姉妹紙以外の免疫系でトップ

**Journal of Clinical Investigations --- 13.251

**Nature Communications --- 12.353

**PLoS Medicine --- 11.675

**Nucleic Acid Research --- 11.561

**Science Advances --- 11.511 <-初めてIFついた

**Journal of Experimental Medicine --- 10.790 <-めっちゃ下がってきてる

**EMBO Journal --- 10.557

**EMBO Molecular Medicine --- 10.293

*Developmental Cell --- 9.616 <-発生系落ち目

*PNAS --- 9.504

*Genes & Development --- 9.462

*PLoS Biology --- 9.163

*Journal of Cell Biology --- 8.784

*EMBO Reports --- 9.749

*Stem Cell Reports --- 6.537

*Science Signaling --- 6.378

*Allergy --- 6.048

*PLoS Genetics --- 5.540

*Development --- 5.413 <-落ち方やばい

*International Immunology 5.189 <- IIがJIを抜いた

Journal of Immunology 4.539

Journal of Biological Chemistry 4.010

Developmetanl and Comparative Immunology 2.913